前期剧情（第1～26集）

虽然先前日子在其他次元，有邪恶组织对爆丸世界的创始生命的觊觎夺取，但在爆丸战士的守卫之下，并未对爆丸世界造成影响，再次让爆丸世界回归应有和平。时间来到一年后，爆丸Inter-space的发展急速膨胀，爆丸对战亦出现了完善的联赛赛制。而在比赛中，独角巨龙屡次力量失控、当中衍生出来的钢铁巨人的出现和大肆破坏，令小弹心理压力不断上升，其后更退出赛场，使爆丸战士间的友情受到重大考验。在此同时，有一支被称作“浑沌军团（Chaos Army）”的神秘参赛队伍，对爆丸战士与其他参赛者发动迅雷不及掩耳的震撼打击，促使爆丸战士与其他参赛者团结一致，立誓击退强敌；然而，混沌军团的首脑梅格梅尔在大举侵略的同时，似乎与小弹和独角巨龙有过节，而小弹和梅格梅尔两人间的死斗也秘密的在烽火连天的爆丸战场的边缘无声无息的展开了……

后期剧情（第27～46集）

自从梅格梅尔连同混沌军团被爆丸战士击垮并覆灭后，地球终于回复了短暂的和平。而爆丸亦可以到地球与人类一起生活，爆丸对战更变成了地球的职业赛事，就在小弹、丸兆、小骏和钢士四人的顶尖决战中，天上突然降下了以超能死神为首的四部钢铁巨人，与八只邪恶爆丸组成的“九重魔”（Nonet Army），企图消灭独角巨龙和摧毁爆丸世界，小弹、丸兆和小骏再度为了保护他们共同生活和爆丸世界挺身而出，并爆发了一场攸关全人类与爆丸生存的终极决战。同时，在九重魔背后操纵一切的神秘人物魏斯门，在神秘的面具之下构思著一场惊天动地的阴谋……